Zavod O upravlja svet zavoda, ki ga sestavlja 5 članov , in sicer trije predstavniki po izboru ustanovitelja (predsednik Kluba škofjeloških študentov in dva člana po izboru izboru Izvršnega odbora KŠŠ-ja), en predstavnik delavcev zavoda in en predstavnik zainteresirane javnosti. Njegovo delo vodi predsednik sveta, ki ga med sabo izvolijo člani sveta na ustanovni seji, ta pa tudi prevzame funkcijo direktorja zavoda v času njegove odsotnosti. Mandat članov traja dve leti.
Svet zavoda obrava in sprejema statut in druge splošne akte zavoda, sprejema program razvoja, finančni načrt, zaključni račun, daje ustanovitelju in drugim organom zavoda predloge in mnenja o posameznih vprašanjih, na predlog ustanovitelja imenuje direktorja in sprejema sklepe o ustanovitvi in ukinitvi organizacijskih enot. O sklepih sveta zavoda se vodi zapisnik.
Redne seje se previloma sklicuje vsake 4 mesece.
