Kolegij Zavoda O je najvišji operativni organ organizacije in hkrati posvetovalno telo direktorja, ki ga praviloma sestavljajo koordinatorji štirih sekcij Zavoda O in nosilci skupnih služb (odnosi z javnostmi, marketing). Sklicuje ga direktor Zavoda O, ki ob sklicu določi tudi njegovo sestavo in vsebino delo. Člani kolegija se sestajajo redno, običajno dvakrat mesečno, na svojih sestankih pa evalvirajo preteklo delo, obravnavajo tekoče in predvidene naloge, problematiko, poslovanje organizacije ter oblikujejo bodoče usmeritve. Naloga kolegija je ažurno prenašanje bistvenih informacij na nižje nivoje v organizacij oziroma do prostovoljcev, aktivistov, kot tudi prenašanje informacij v nasprotni smeri do direktorja, ter zagotavljanje usklajenega opravljanja aktivnosti po sekcijah in službah. Tako se zagotavlja pravilno in pravočasno opravljanje aktivnosti ter vodi ustrezna koordinacija dela znotraj organizacije. O sklepih kolegija se vodi zapisnik.
Zavod O upravlja svet zavoda, ki ga sestavlja 5 članov , in sicer trije predstavniki po izboru ustanovitelja (predsednik Kluba škofjeloških študentov in dva člana po izboru izboru Izvršnega odbora KŠŠ-ja), en predstavnik delavcev zavoda in en predstavnik zainteresirane javnosti. Njegovo delo vodi predsednik sveta, ki ga med sabo izvolijo člani sveta na ustanovni seji, ta pa tudi prevzame funkcijo direktorja zavoda v času njegove odsotnosti. Mandat članov traja dve leti.
Svet zavoda obrava in sprejema statut in druge splošne akte zavoda, sprejema program razvoja, finančni načrt, zaključni račun, daje ustanovitelju in drugim organom zavoda predloge in mnenja o posameznih vprašanjih, na predlog ustanovitelja imenuje direktorja in sprejema sklepe o ustanovitvi in ukinitvi organizacijskih enot. O sklepih sveta zavoda se vodi zapisnik.
Redne seje se previloma sklicuje vsake 4 mesece.
Žiga Srebot-Jelovšek
Predsednik sveta zavoda, predstavnik zainteresirane javnosti