Kolegij Zavoda O je najvišji operativni organ organizacije in hkrati posvetovalno telo direktorja, ki ga praviloma sestavljajo koordinatorji štirih sekcij Zavoda O in nosilci skupnih služb (odnosi z javnostmi, marketing). Sklicuje ga direktor Zavoda O, ki ob sklicu določi tudi njegovo sestavo in vsebino delo. Člani kolegija se sestajajo redno, običajno dvakrat mesečno, na svojih sestankih pa evalvirajo preteklo delo, obravnavajo tekoče in predvidene naloge, problematiko, poslovanje organizacije ter oblikujejo bodoče usmeritve. Naloga kolegija je ažurno prenašanje bistvenih informacij na nižje nivoje v organizacij oziroma do prostovoljcev, aktivistov, kot tudi prenašanje informacij v nasprotni smeri do direktorja, ter zagotavljanje usklajenega opravljanja aktivnosti po sekcijah in službah. Tako se zagotavlja pravilno in pravočasno opravljanje aktivnosti ter vodi ustrezna koordinacija dela znotraj organizacije. O sklepih kolegija se vodi zapisnik.